cakephp をインストールしたフォルダには mod_rewrite がかかるため、そのサブディレクトリに別なソフトをインストールしたとしてもうまく動かなくなるはずです。
mod_rewrite をどう書き換えれば動くようになるか、というTips.
http://cakebaker.wordpress.com/2006/08/17/take-over-the-control-of-some-urls-from-cakephp/
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/stats/(.*)$
RewriteRule ^.*$ - [L]
</IfModule>
# Begin CakePHP
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php?url=$1 [QSA,L]
</IfModule>
